บอร์เนียวเหนือ เป็นรัฐในอารักขาในการดูแลของบริษัทบอร์เนียวเหนือของอังกฤษ (British North Borneo Company) ระหว่างปีค.ศ. 1882 - 1946 หลังจากนั้นจึงได้เปลี่ยนสถานะเป็นอาณานิคมของสหราชอาณาจักรโดยใช้ชื่อว่าบอร์เนียวเหนือของอังกฤษจนถึงปีค.ศ. 1963 บอร์เนียวเหนือตั้งอยู่ทางตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะบอร์เนียว ซึ่งก็คือรัฐซาบาห์ในปัจจุบัน
ในปีค.ศ. 1865 กงสุลสหรัฐประจำบรูไน ชาร์ลส์ ลี โมเสส ได้รับสัญญาเช่าดินแดนบอร์เนียวเหนือเป็นเวลา 10 ปีจากสุลต่านบรูไน อย่างไรก็ดี รัฐบาลสหรัฐหลังสงครามกลางเมืองไม่ได้สนใจที่จะแสวงหาอาณานิคมในเอเชียมากนัก โมเสสจึงได้ขายสิทธิที่ด้มาให้กับบริษัทการค้าอเมริกันแห่งบอร์เนียวซึ่งมีสำนักงานอยู่ในฮ่องกง โจเซฟ วิลเลียม ทอร์รี ซึ่งเป็นเจ้าของบริษัทคนหนึ่ง ได้สร้างนิคมขึ้นที่ปากแม่น้ำกีมานิส โดยตั้งชื่อนิคมนั้นว่า เอลเลนา ความพยายามที่จะหาความช่วยเหลือทางการเงินสำหรับนิคมนั้นกลายเป็นเรื่องไร้ประโยชน์ อีกทั้งยังมีโรคภัยไข้เจ็บ และบรรดาแรงงานที่อพยพเข้ามาก็อพยพหนีออกไปหมด นิคมดังกล่าวจึงดำรงมาได้ถึงปีค.ศ. 1866 เท่านั้น
ต่อมาในเดือนมกราคม ค.ศ. 1875 ทอร์รีได้ขายสิทธิ์ดังกล่าวให้กับกงสุลจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการีในฮ่องกง บารอน ฟอน โอเวอร์เบค โดยกงสุลได้ขอต่อสัญญาเพิ่มอีกสิบปีกับตำมะหงงแห่งบรูไน และยังได้ทำสัญญาทำนองเดยวกันกับสุลต่านแห่งซูลูในวันที่ 22 มกราคม ค.ศ. 1878 และเพื่อเตรียมแผนการทางการเงินสำหรับบอร์เนียวเหนือ กงสุลได้หาการสนับสนุนทางการเงินจากพี่น้องเดนท์ อย่างไรก็ตามกงสุลก็ก็ไม่สาทารถทำให้รัฐบาลสนใจดินแดนดังกล่าวได้ หลังจากที่พยายามจะขายดินแดนดังกล่าวให้กับอิตาลีเพื่อใช้เป็นทัณฑนิคมแล้ว จึงได้ถอนตัวจากดินแดนดังกล่าว แล้วทิ้งไว้ให้อยู่ในความดูแลของอัลเฟรด เดนท์ หนึ่งในพี่น้องเดนท์ อัลเฟรด เดนท์ได้รับการสนับสนุนจากเซอร์ รูเทอร์ฟอร์ด อัลค็อคและพลเรือเอกแฮร์รี เคพเพล
ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1881 พี่น้องเดนท์ได้ตั้งสมาคมท้องถิ่นบอร์เนียวเหนือของอังกฤษจำกัดและได้รับพระบรมราชานุญาตในวันที่ 1 พฤศจิกายนในปีเดียวกัน ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1882 บริษัทบอร์เนียวเหนือของอังกฤษได้เข้ามาแทนที่สมาคมดังกล่าว เซอร์ รูเทอร์ฟอร์ด อัลค็อคได้เป็นประธานคนแรกของบริษัท โดยมีอัลเฟรด เดนท์เป็นกรรมการผู้จัดการ แม้ว่าจะมีการต่อต้านจากรัฐบาลเนเธอร์แลนด์ สเปน และซาราวักก็ตาม บริษัทบอร์เนียวเหนือของอังกฤษก็ยังก่อตั้งนิคมและจัดการบริหารดินแดนดังกล่าว บริษัทได้รับอำนาจอธิปไตยในพื้นที่และสิทธิต่าง ๆ ในพื้นที่จากสุลต่านบรูไนตามลำดับ และได้ขยายพื้นที่ไปยังแม่น้ำปูตาตัน (พฤษภาคม ค.ศ. 1884) เขตปาดัส (พฤศจิกายน ค.ศ. 1884) แม่น้ำกาวัง (กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1885) หมู่เกาะมันตานานี (เมษายน ค.ศ. 1885) และพื้นที่เพิ่มเติมในเขตปาดัส (มีนาคม ค.ศ. 1898) อีก
บริษัทได้ทำให้เศรษฐกิจในพื้นที่เจริญเติบโตขึ้นโดยสร้างสันติภาพในพื้นที่ที่มีทั้งโจรสลัดและศักดินาอย่างเข้มข้น บริษัทได้ยกเลิกระบบทาส สร้างเครือข่ายการคมนาคม ระบบสาธารณสุขและการศึกษาสำหรับประชาชน และยังได้นำผู้อพยพชาวจีนเข้ามาเพื่อเพิ่มปริมาณประชากรซึ่งมีไม่ถึงหนึ่งแสนคน ความพยายามของชาวพื้นเมืองและผู้อพยพได้ทำให้เมือง ไร่นา อุตสาหกรรมป่าไม้ ไร่ยาสูบและสวนยางเจริญเติบโตขึ้นเรื่อย
ในปีค.ศ. 1888 บอร์เนียวเหนือได้กลายเป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษ แต่อำนาจในการบริหารทั้งหมดก็ยังคงอยู่กับบริษัทบอร์เนียวเหนือของอังกฤษ โดยที่รัฐบาลอังกฤษมีหน้าที่เกี่ยวกับกิจการความสัมพันธืระหว่างประเทศเท่านั้น
การปกครองของบริษัทในบอร์เนียวเหนือมีผลกระทบต่อความเจริญในภูมิภาคเป็นอย่างมาก แม้ว่าสถานการณ์ทั่วไปจะดูสงบ แต่ประชากรพื้นเมืองก็ไม่พอใจการเก็บภาษีชาวยุโรปได้ครอบครองที่ดินในการเพาะปลูกมากขึ้น โดยต่อต้านครั้งที่รุนแรงที่สุดคือสงครามมัต ซัลเลห์ระหว่างปีค.ศ. 1894 - 1900 และการลุกฮือในรุนดุมโดยชาวมูรุตในปีค.ศ. 1915
ระบบการบริหารของบริษัทก็เหมือนกันกับโครงสร้างบริหารงานของอาณานิคมอังกฤษแห่งอื่น ๆ โดยจะแบ่งเขตปารปกครองออกเป็น residency และและมีหน่วยย่อยลงไปเรียกว่า เขต (district) โดยในบอร์เนียวเหนือมีเพียงสอง residency เท่านั้น คือชายฝั่งตะวันออกและชายฝั่งตะวันตก ซึ่งก็มีซันดากันและเจสเซลตันเป็นศูนย์กลางของแต่ละ residency ตามลำดับ แต่ละ residency ก็แบ่งออกเป็น จังหวัด (province) ซึ่งในภายหลังเรียกว่าเขต ในปีค.ศ. 1922 residency ได้เพิ่มเป็นห้าแห่งเพื่อให้สอดคล้องกับพื้นที่ใหม่ ๆ ที่เพิ่มขึ้นสำหรับการพัฒนา ได้แก่ ชายฝั่งตะวันตก กูดัต ตาเวา ใน และชายฝั่งตะวันออก ซึ่ง residency แบ่งออกเป็นสิบเจ็ดเขตด้วยกัน
