มหาวิทยาลัยฮุมโบลด์ทแห่งเบอร์ลิน (เยอรมัน: Humboldt-Universit?t zu Berlin ; อังกฤษ: The Humboldt University of Berlin) เป็นมหาวิทยาลัยที่เก่าแก่ที่สุดในกรุงเบอร์ลิน เดิมทีเรียกว่า มหาวิทยาลัยเบอร์ลิน ก่อตั้งในปี ค.ศ. 1810 (พ.ศ. 2353) ในชื่อ มหาวิทยาลัยแห่งเบอร์ลิน (Universit?t zu Berlin) โดย Wilhelm von Humboldt นักปฏิรูปการศึกษาและนักปรัชญาเสรีนิยมชาวปรัสเซีย ต่อมามหาวิทยาลัยเบอร์ลินแห่งนี้กลายเป็นแม่แบบที่มีอิทธิพลอย่างมากต่อมหาวิทยาลัยอื่น ๆ ในทวีปยุโรปและโลกตะวันตก มหาวิทยาลัยใหญ่ ๆ ทั้งในยุโรปและอเมริกาจำนวนมาก อาทิ มหาวิทยาลัยปารีส มหาวิทยาลัยอ๊อกซฟอร์ด มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด มหาวิทยาลัยมอสโกสเตท ล้วนแต่ต้องปรับตัวเมื่อมหาวิทยาลัยเบอร์ลินแห่งนี้โด่งดังขึ้นมา
ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1828 (พ.ศ. 2371) มหาวิทยาลัยเป็นที่รู้จักกันในชื่อ มหาวิทยาลัยฟรีดรีช-วิลเฮล์ม (Friedrich-Wilhelms-Universit?t ตั้งตามชื่อผู้ปกครองแคว้น) และต่อมาก็รู้จักกันในชื่อ Universit?t unter den Linden (มหาวิทยาลัยใต้ต้นลินเดน). ต่อมาในปี ค.ศ. 1949 (พ.ศ. 2492) ได้เปลี่ยนชื่อเป็น Humboldt-Universit?t ดังเช่นปัจจุบัน เพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้ก่อตั้ง.
ในสองศตวรรษที่ผ่านมา มหาวิทยาลัยดังกล่าวกลายเป็นที่พำนักของนักคิดผู้ยิ่งใหญ่ที่สุดของประเทศเยอรมนีจำนวนมาก ซึ่งในจำนวนนั้นรวมถึง ฟิชเทอ, เชลลิง และเฮเกล นักปรัชญา, อัลเบิร์ต ไอน์สไตน์ และ มักซ์ พลังค์ นักฟิสิกส์ผู้มีชื่อเสียง, คาร์ล มาร์กซ และ ฟรีดริช เองเงิลส์ ผู้ก่อตั้งทฤษฎีมาร์กซิสต์, คาร์ล เลียบเนคท์ ผู้ก่อตั้งพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศเยอรมนี, ออทโท ฟอน บิสมาร์ค ผู้รวมประเทศเยอรมนี, และ โรเบิร์ท ชูมานน์ ผู้รวมยุโรป มหาวิทยาลัยนี้เป็นที่พำนักของผู้ได้รับรางวัลโนเบล 29 คน
โครงสร้างของมหาวิทยาลัยวิจัยอย่างเข้มข้นแบบเยอรมนี อย่างเช่น ฮุมโบลด์ท ได้กลายเป็นต้นแบบให้กับสถาบันอย่าง มหาวิทยาลัยจอนส์ฮอปกินส์
หลัง ค.ศ. 1933 เช่นเดียวกับมหาวิทยาลัยเยอรมันอื่น ๆ มหาวิทยาลัยฮุมโบลด์ทถูกเปลี่ยนเป็นสถาบันการศึกษานาซี หนังสือประมาณ 20,000 เล่ม จากห้องสมุดมหาวิทยาลัย ที่เขียนโดยผู้ต่อต้านระบอบนาซีถูกนำออกมาเผา ในวันที่ 10 พฤษภาคม ปีเดียวกัน ที่ลาน Opernplatz (ปัจจุบันคือ Bebelplatz) นักศึกษาและอาจารย์ชาวยิว และผู้ต่อต้านนาซีถูกไล่ออกจากมหาวิทยาลัย และมักจะถูกเนรเทศออกนอกประเทศด้วย
