มหาวิทยาลัยแมนเชสเตอร์ (University of Manchester) เป็นสถาบันอุดมศึกษาเน้นวิจัยขนาดใหญ่มาก มีชื่อเสียงด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี และแพทยศาสตร์ ตั้งที่เมืองแมนเชสเตอร์ สหราชอาณาจักร โดยรวมกันระหว่างมหาวิทยาลัยวิกตอเรียแมนเชสเตอร์ และมหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแมนเชสเตอร์ ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมีนักศึกษาจำนวนมากที่สุดในสหราชอาณาจักรทั้งจำนวนรวมทุกระดับ ระดับปริญญาตรี และระดับบัณฑิตศึกษา (ไม่นับมหาวิทยาลัยเปิด (Open University)) นอกจากนี้ยังเป็นที่นิยมอย่างมากในบรรดานักศึกษานอกสหภาพยุโรปอีกด้วย
มหาวิทยาลัยแมนเชสเตอร์ และบูรพสถาบันทั้งสอง เป็นสถานที่ทำงานของนักวิทยาศาสตร์รางวัลโนเบลจำนวนหลายท่าน อาทิ เออร์เนสต์ รัทเทอร์ฟอร์ด โจเซฟ จอห์น ทอมสัน นีลส์ บอร์ เจมส์ แชดวิก ฯลฯ
มหาวิทยาลัยแมนเชสเตอร์ ถือกำเนิดจากการรวมกันระหว่างมหาวิทยาลัยวิกตอเรียแมนเชสเตอร์ (Victoria University of Manchester) และมหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแมนเชสเตอร์ หรือยูมิสต์ (University of Manchester Institute of Science and Technology; UMIST) เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2547 โดยมีการทำข้อตกลงที่จะรวมสถาบันกันในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2546
มหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ฯ มีประวัติย้อนหลังตั้งแต่ พ.ศ. 2367 ซึ่งได้มีการก่อตั้งสถาบันช่างกล (Mechanics' Institute) เพื่อให้ทำการสอนแก่นายช่างฝีมือ ต่อมาได้ยกฐานะขึ้นเป็นวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2456 เพื่อรองรับการเป็นเมืองอุตสาหกรรมแห่งแรกของโลก เมื่อวิทยาลัยเจริญมากขึ้น จึงได้ยกฐานะขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแมนเชสเตอร์ เมื่อ พ.ศ. 2498
ส่วนมหาวิทยาลัยวิกตอเรีย ก่อตั้งขึ้นโดยเงินที่จอห์น โอเวนส์ (John Owens) พ่อค้าชาวอังกฤษอุทิศให้จำนวนทั้งสิ้น 96,942 ปอนด์ทองคำ (หรือ 5 ล้าน 6 แสนปอนด์ในปัจจุบัน) โดยก่อตั้งเป็นวิทยาลัยชื่อ วิทยาลัยโอเวนส์ ตามนามสกุลเจ้าของเงินทุน มีที่ตั้งอยู่ที่บ้านของริชาร์ด คอบเดน (Richard Cobden) ต่อมาเมื่อวิทยาลัยขยายตัว จึงได้ย้ายออกไปยังถนนออกซฟอร์ด และใช้บ้านดังกล่าวเป็นที่ตั้งของศาลจังหวัดแมนเชสเตอร์แทน ครั้นกิจการของวิทยาลัยเจริญมากขึ้น จึงได้ยกฐานะขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยวิกตอเรีย เมื่อ พ.ศ. 2423 ต่อมาได้มีการเติมชื่อเมืองที่ตั้งต่อท้ายเป็น มหาวิทยาลัยวิกตอเรีย ณ แมนเชสเตอร์ เมื่อ พ.ศ. 2446
สมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่สอง มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติควบรวมมหาวิทยาลัยวิกตอเรียและมหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ฯเข้าด้วยกัน เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2547 มีอลัน กิลเบิร์ต (Alan Gilbert) อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยเมลเบิร์น เป็นอธิการบดีคนแรก ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ พ.ศ.2547 จนถึง พ.ศ.2553 หลังจากนั้นมีแนนซี รอทเวลล์ (Nancy Rothwell) เป็นอธิการบดีสืบต่อ
เมื่อ พ.ศ.2554 คณาจารย์สี่คนของมหาวิทยาลัยได้รับรางวัลโนเบล ได้แก่ แอนเดร เจม (Andre Geim) คอนสแตนติน โนโวเซลอฟ (Konstantin Novoselov) จอห์น ซัลสตัน (John Sulston) และโจเซฟ สติกลิตซ์ (Joseph Stiglitz)
ในปีต่อมา สภาวิจัยวิศวกรรมและวิทยาศาสตร์กายศาสตร์กายภาพ (Engineering and Physical Sciences Research Council; EPSRC) ได้จัดตั้งสถาบันกราฟีนแห่งชาติที่มหาวิทยาลัย ใช้เงินทุนทั้งสิ้น 45 ล้านปอนด์ โดย 38 ล้านปอนด์มาจากรัฐบาลกลาง ส่วนที่เหลือเป็นของมหาวิทยาลัย เมื่อการจัดตั้งศูนย์สำเร็จ จึงได้รับเงินอีก 23 ล้านปอนด์ จากกองทุนพัฒนาท้องถิ่นยุโรป พร้อมกันนั้น มหาวิทยาลัยโดยคณะวิศวกรรมศาสตร์และวิทยาศาสตร์กายภาพได้รับเลือกเป็นที่ตั้งศูนย์นานาชาติว่าด้วยวัสดุขั้นสูง ร่วมกับมหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ วิทยาลัยอิมพีเรียลลอนดอน และมหาวิทยาลัยอิลลินอยส์
มหาวิทยาลัยแมนเชสเตอร์มีวิทยาเขตหลักสามแห่งในใจกลางเมือง (ท้องที่อำเภอแมนเชสเตอร์) ได้แก่
ทั้งสองวิทยาเขตมีมหาวิทยาลัยนครแมนเชสเตอร์ (Manchester Metropolitan University) และอาคารที่มิใช่ส่วนงานของมหาวิทยาลัยคั่นกลาง นอกจากนี้ ยังมีวิทยาเขตฟอลโลว์ฟีลด์ (Fallowfield Campus) ตั้งห่างจากวิทยาเขตทั้งสองลงไป 3 กิโลเมตร ใช้เป็นที่ตั้งหอพักนักศึกษาและอาจารย์
นอกจากที่ตั้งทั้งสามแห่งในเขตจังหวัดแมนเชสเตอร์แล้ว มหาวิทยาลัยยังมีหอดูดาวจอร์เดรลล์ แบงก์ (Jordrell Bank Observatory) ที่จังหวัดเชชเชอร์ และศูนย์การประชุมที่ตำบลมอสตัน อำเภอแมนเชสเตอร์ จังหวัดแมนเชสเตอร์
