วิกฤตการณ์มาลายา (อังกฤษ: Malayan Emergency) เป็นสงครามกองโจรต่อสู้กันระหว่างฝ่ายเครือจักรภพแห่งชาติและ กองทัพปลดปล่อยชนชาติมาลายาซึ่งเป็นกองกำลังของ พรรคคอมมิวนิสต์มาลายา ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1948 ถึง 1960
แม้ว่าฝ่ายคอมมิวนิสต์ จะพ่ายแพ้ในปี ค.ศ. 1960 แต่ผู้นำฝ่ายคอมมิวนิสต์ "ชิน เผง" ยังคงก่อการจลาจลในปี ค.ศ. 1967 และเรื่อยไปจน ค.ศ. 1989 จนเป็นที่รู้จักกันในชื่อ "สงครามจลาจลคอมมิวนิสต์" แม้ว่ากองกำลังของอังกฤษและออสเตรเลียได้ถอนกำลังออกจากมาเลเซียไปก่อนหน้านี้แล้วก็ตาม แต่การก่อจลาจลก็ยังล้มเหลว
จากการถอนกำลังของจักรวรรดิญี่ปุ่น ภายหลังสงครามโลกครั้งที่สอง เศรษฐกิจของมาลายาได้รับความเสียหายอย่างมาก เกิดปัญหาการว่างงานและค่าจ้างที่ต่ำ รวมไปถึงอัตราเงินเฟ้อที่สูงขึ้น บ่อยครั้งที่แรงงานมากมายนัดหยุดงานและรวมตัวกันเพื่อประท้วงระหว่างปี ค.ศ. 1946 - 1948 ในห้วงเวลาอันยากลำบากนั้น อังกฤษซึ่งเป็นเจ้าอาณานิคมของมลายูมีความพยายามอย่างยิ่งที่จะฟื้นระบบเศรษฐกิจของแหลมมลายู ซึ่งรายได้จากการค้าดีบุกและอุตสาหกรรมยางนี้เองเป็นสิ่งสำคัญอย่างยิ่งฟื้นตัวทางเศรษฐกิจ กลุ่มผู้ประท้วงได้ออกมาเคลื่อนไหวอย่างรุนแรง ซึ่งรัฐบาลก็ได้มีมาตรการจับกุมและเนรเทศออกนอกดินแดน แต่ในทางกลับกันกลับกลายเป็นว่ากลุ่มผู้ประท้วงกลับแข็งข้อมากขึ้น ในวันที่ 16 มิถุนายน 1948 ชนวนเหตุได้ถูกจุดขึ้นเมื่อ 3 ผู้จัดการสวนชาวยุโรปได้ถูกฆ่าตายในเมืองซันกาย ซีปุด รัฐเประ
จากเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น อังกฤษได้จึงประกาศใช้มาตรการฉุกเฉิน จากนั้นในเดือนกรกฎาคมภายใต้มาตรการฯ พรรคคอมมิวนิสต์มาลายาและกลุ่มบุคคลคู่กรณีได้ถูกกล่าวหาว่าเป็นอาชญากร และตำรวจได้รับอำนาจในการจับกุมและกักขังบุลคลที่เป็นคอมมิวนิสต์และผู้ต้องสงใสว่าให้การช่วยเหลือแก่ฝ่ายคอมมิวนิสต์ได้โดยไม่ต้องสอบสวน ในขณะนั้น พรรคคอมมิวนิสต์มาลายาซึ่งนำโดย จีนเป็ง ได้ถอยกลับไปยังชนบทและก่อตั้ง กองทัพปลดปล่อยชนชาติมาลายา ขึ้น หรืออีกชื่อหนึ่งคือ กองทัพประชาชนปลดปล่อยมาลายา ใช้การรบแบบกองโจร โดยมีเป้าหมายคือ กลุ่มอุตสาหกรรมและธุรกิจของเจ้าอาณานิคม ซึ่งส่วนใหญ่เป็นอุตสาหกรรมเหมืองแร่ดีบุกและยางพารา
