อำเภอปากเกร็ด เป็นเป็นอำเภอที่มีตำบลมากที่สุดในจังหวัดนนทบุรี ที่ตั้งมีแม่น้ำเจ้าพระยาตัดผ่านตัวอำเภอ สภาพพื้นที่ทางฝั่งตะวันตกส่วนใหญ่เป็นสวนผลไม้ต่าง ๆ ไร่นา ท้องทุ่ง ปศุสัตว์ ดังเช่นในชนบท ส่วนทางฝั่งตะวันออกมีที่พักอาศัย อุตสาหกรรม ห้างสรรพสินค้า โรงภาพยนตร์ ซูเปอร์มาร์เก็ต เป็นที่ตั้งหน่วยงานราชการส่วนกลางของประเทศ ในอดีตอำเภอปากเกร็ดเคยขึ้นกับจังหวัดพระนครอยู่ช่วงหนึ่ง และบางตำบลเคยอยู่ในอำเภอบางบัวทอง
อำเภอปากเกร็ดตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของจังหวัด และอยู่ห่างจากตัวจังหวัดไปทางทิศเหนือ 7.45 กิโลเมตร มีพื้นที่การปกครองทั้งสองฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา โดยมีอาณาเขตติดต่อดังนี้
"ปากเกร็ด" เป็นคำประสมจากคำว่า "ปาก" ซึ่งสันนิษฐานว่าคงจะเนื่องมาจากชื่อวัดปากอ่าว และคำว่า "เกร็ด" ซึ่งมีความหมายตามพจนานุกรม ฉบับราชบัณฑิตยสถาน พ.ศ. 2493 ว่า "ห้วงน้ำแคบต่อจากห้วงน้ำใหญ่ทั้งสอง" ดังนั้น คำว่าปากเกร็ดจึงน่าจะหมายถึง "บริเวณผืนแผ่นดินที่เป็นปากอ่าว มีอาณาเขตติดต่อกับแม่น้ำใหญ่"
อีกข้อสันนิษฐานหนึ่ง "ปากเกร็ด" อาจมีที่มาจากคลองที่ขุดขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระเพื่อลัดแม่น้ำเจ้าพระยาตรงช่วงที่เริ่มไหลวกเข้าไปในคุ้งบางบัวทอง โดยในอดีตผู้คนจะเรียกคลองนี้ว่า "คลองเตร็ดน้อย" และต่อมาเรียกว่า "คลองลัดเกร็ด" (หรือ "แม่น้ำลัดเกร็ด" ซึ่งทำให้เกิดเกาะเกร็ดขึ้นนั่นเอง) ส่วนบริเวณต้นคลองลัดนั้นก็เรียกว่า "ปากเกร็ด"
อำเภอปากเกร็ดในครั้งแรกมีฐานะเป็นแขวงเรียกว่า แขวงตลาดขวัญ ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2427 และต่อมาก็ได้รับการยกฐานะเป็น อำเภอปากเกร็ด มีพระรามัญนนทเขตต์คดี (เนียม นนทนาคร) เป็นนายอำเภอคนแรก ตั้งที่ว่าการอำเภออยู่ในที่ธรณีสงฆ์วัดสนามเหนือ ต่อมาจึงได้ย้ายที่ว่าการอำเภอไปตั้งที่หมู่ที่ 2 ตำบลปากเกร็ด ในสมัยที่หลวงรามัญนนทเขตต์คดี (เจ็ก นนทนาคร) บุตรชายของพระรามัญนนทเขตต์คดี (เนียม นนทนาคร) ขึ้นเป็นนายอำเภอ
เมื่อปี พ.ศ. 2463 กระทรวงนครบาลได้โอนตำบลอ้อมเกร็ด (เปลี่ยนชื่อมาจากตำบลบางบัวทอง) และตำบลบางพลับจากอำเภอบางบัวทอง กับโอนตำบลท่าอิฐจากอำเภอนนทบุรีมาขึ้นกับอำเภอ เพื่อความเหมาะสมด้านการปกครอง ณ ปี พ.ศ. 2470 อำเภอปากเกร็ดจึงมีท้องที่การปกครองรวม 13 ตำบล ได้แก่ ตำบลบ้านปากเกร็ด ตำบลบางพูด ตำบลบ้านใหม่ตลาดเนื้อ ตำบลสีกัน ตำบลสองห้อง (ทุ่งสองห้อง) ตำบลบางตลาดฝั่งเหนือ (บางตลาด) ตำบลเกาะเกร็ด ตำบลท่าอิฐ ตำบลอ้อมเกร็ด ตำบลบางพลับ ตำบลบ้านแหลมใหญ่ (คลองพระอุดม) ตำบลบางตะไนย์ และตำบลคลองข่อย
เดิมอำเภอปากเกร็ดมีอาณาเขตทางด้านตะวันออกติดต่อกับอำเภอบางเขน จังหวัดพระนครโดยใช้คลองเปรมประชากรตั้งแต่คลองบางตลาดขึ้นไปจนถึงคลองบ้านใหม่ตลาดเนื้อเป็นเส้นแบ่งเขตเป็นเส้นแบ่งเขต จนกระทั่งในวันที่ 26 ตุลาคม พ.ศ. 2475 ทางราชการได้โอนตำบลทุ่งสองห้องจากอำเภอปากเกร็ด (ซึ่งรวมพื้นที่ตำบลสีกันเดิมไว้ด้วย) พร้อมกับตำบลลาดโตนดจากอำเภอนนทบุรีไปอยู่ในท้องที่ปกครองของอำเภอบางเขน เพื่อเพิ่มความสะดวกในการตรวจตราของเจ้าหน้าที่และความสะดวกในการติดต่อราชการของประชาชนคลองประปาจึงกลายเป็นแนวแบ่งเขตการปกครองระหว่างจังหวัดทั้งสองแทนคลองเปรมประชากรมาจนถึงทุกวันนี้
จนกระทั่งในวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2486 จังหวัดนนทบุรีถูกยุบลงเนื่องจากขณะนั้นเกิดปัญหาสภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ อำเภอปากเกร็ดย้ายไปขึ้นกับจังหวัดพระนคร จนกระทั่งในวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2489 ได้มีการจัดตั้งจังหวัดนนทบุรีขึ้นมาอีกครั้ง อำเภอปากเกร็ดจึงกลับมาอยู่ในการปกครองของทางจังหวัดนับแต่นั้น
ตลอดเวลาที่ผ่านมา มีการปรับปรุงเขตการปกครองระดับตำบลภายในท้องที่อำเภอปากเกร็ดอยู่เนือง ๆ เช่น ยุบตำบลบ้านใหม่ตลาดเนื้อรวมเข้ากับตำบลบางพูด ยุบตำบลบางพลับรวมเข้ากับตำบลอ้อมเกร็ด เป็นต้น จนกระทั่งในวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ. 2490 กระทรวงมหาดไทยได้เปลี่ยนแปลงเขตตำบลเดิมและตั้งตำบลใหม่อีกครั้ง โดยแยกพื้นที่บางส่วนจากตำบลปากเกร็ดตั้งเป็นตำบลบางตลาด แยกพื้นที่บางส่วนจากตำบลบางพูดตั้งเป็นตำบลบ้านใหม่ รวมพื้นที่บางส่วนจากตำบลบางตะไนย์และอ้อมเกร็ดตั้งเป็นตำบลคลองพระอุดม และแยกพื้นที่บางส่วนจากตำบลอ้อมเกร็ดตั้งเป็นตำบลบางพลับ มีผลตั้งแต่วันที่ 1 มิถุนายน ปีเดียวกัน
ต่อมาอำเภอปากเกร็ดได้มีการย้ายที่ว่าการอำเภอมาตั้งริมถนนแจ้งวัฒนะ หมู่ที่ 5 ตำบลปากเกร็ด เมื่อปี พ.ศ. 2505 เพื่อให้ประชาชนมาติดต่อราชการได้สะดวกยิ่งขึ้น และในวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2532 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศแยกพื้นที่ทางทิศตะวันออกของตำบลปากเกร็ดตั้งเป็นตำบลคลองเกลือ โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 16 มกราคม ปีเดียวกัน ท้องที่อำเภอปากเกร็ดจึงประกอบด้วย 12 ตำบลจนถึงปัจจุบัน
อำเภอปากเกร็ดแบ่งเขตการปกครองย่อยออกเป็น 12 ตำบล แต่ละตำบลแบ่งย่อยออกเป็นหมู่บ้าน รวม 85 หมู่บ้าน (หรือ 51 หมู่บ้าน หากไม่นับรวมในเขตเทศบาลนครปากเกร็ดซึ่งไม่มีตำแหน่งกำนันและผู้ใหญ่บ้านแล้ว) ได้แก่
ปัจจุบันอำเภอปากเกร็ดมีสะพานข้ามแม่น้ำเจ้าพระยา 2 แห่ง คือ สะพานนนทบุรี (สะพานนวลฉวี) เชื่อมระหว่างตำบลบ้านใหม่กับตำบลบางขะแยง อำเภอเมืองปทุมธานี จังหวัดปทุมธานี และสะพานพระราม 4 เชื่อมระหว่างตำบลปากเกร็ดกับตำบลบางตะไนย์และตำบลคลองพระอุดม
