อำเภอเมืองบึงกาฬ เป็นอำเภอซึ่งเป็นที่ตั้งของศูนย์กลางการบริหารราชการของจังหวัดบึงกาฬ มีสถานที่ท่องเที่ยวหลายแห่ง มีน้ำตก มีภูเขา เป็นอำเภอที่มีเขตพื้นที่ติดกับแม่น้ำโขง และอีกฝั่งตรงข้ามแม่น้ำโขงจะเป็นประเทศเพื่อนบ้าน (ลาว) มีการคมนาคมสะดวก
ในอดีตอำเภอเมืองบึงกาฬ มีชื่อเดิมว่า ชัยบุรี (เมืองไชยบุรี) ขึ้นกับจังหวัดนครพนม จนกระทั่งปี พ.ศ. 2460 ได้ถูกโอนย้ายให้ขึ้นต่อจังหวัดหนองคาย และถูกเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น บึงกาฬ ในปี พ.ศ. 2482
ต่อมา ในปี พ.ศ. 2537 ได้มีการร้องขอให้จัดตั้งเป็นจังหวัดบึงกาฬ ตามข้อเสนอของนายสุเมธ พรมพันห่าว สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร พรรคเสรีธรรม จังหวัดหนองคาย โดยแยกพื้นที่อำเภอบึงกาฬ อำเภอปากคาด อำเภอโซ่พิสัย อำเภอพรเจริญ อำเภอเซกา อำเภอบึงโขงหลง อำเภอศรีวิไล และอำเภอบุ่งคล้า ออกจากจังหวัดหนองคาย แต่กระทรวงมหาดไทย ยังไม่มีแผนที่จะยกฐานะอำเภอบึงกาฬขึ้นเป็นจังหวัด เพราะการจัดตั้งจังหวัดใหม่เป็นการเพิ่มภาระด้านงบประมาณ อีกทั้งยังเป็นการเพิ่มกำลังคนภาครัฐซึ่งขัดมติคณะรัฐมนตรี
จนกระทั่ง เมื่อวันที่ 7 พฤษภาคม พ.ศ. 2553 ในการประชุมสภาผู้แทนราษฎร นายเทวฤทธิ์ นิกรเทศ ส.ส.สัดส่วน พรรคกิจสังคมได้ตั้งกระทู้ถามสดต่อนายกรัฐมนตรี เรื่องการจัดตั้งจังหวัดบึงกาฬ และทางกระทรวงมหาดไทยเห็นด้วย กำลังอยู่ในกระบวนการนำเข้าเสนอต่อที่ประชุม ครม. เพื่อพิจารณาให้ความเห็นชอบ ก่อนส่งเรื่องเข้ามาสู่สภาผู้แทนราษฎร เพื่อเสนอเป็นกฎหมายพ.ร.บ.จัดตั้งจังหวัดบึงกาฬ และในวันที่ 3 สิงหาคม ปีเดียวกัน คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบการจัดตั้งจังหวัดบึงกาฬ
เมื่อมีการจัดตั้งจังหวัดบึงกาฬขึ้นตามพระราชบัญญัติตั้งจังหวัดบึงกาฬ พ.ศ. 2554 อำเภอบึงกาฬจึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น "อำเภอเมืองบึงกาฬ" โดยเป็นอำเภอหนึ่งของจังหวัดบึงกาฬ ตามความในมาตรา 3 และ 4 แห่งพระราชบัญญัติดังกล่าว อันมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2554 เป็นต้นไป
