เอลนีโญ (สเปน: El Ni?o) เป็นรูปแบบสภาพอากาศที่เกิดขึ้นตลอดมหาสมุทรแปซิฟิกเขตร้อน โดยเกิดขึ้นเฉลี่ยทุกห้าปี ลักษณะของเอลนีโญ คือ เกิดการเปลี่ยนแปลงในอุณหภูมิผิวน้ำทะเลของมหาสมุทรแปซิฟิกตะวันออก โดยอุ่นขึ้นหรือเย็นลงผิดปกติ ซึ่งเรียกว่า เอลนีโญและลานีญาตามลำดับ และความดันบรรยากาศบริเวณมหาสมุทรแปซิฟิกด้านตะวันตกเขตร้อน ซึ่งเรียกว่า ความผันแปรของระบบอากาศในซีกโลกใต้ การเปลี่ยนแปลงดังกล่าวเกิดขึ้นได้สองกรณี: เอลนีโญ ซึ่งเป็นปรากฏการณ์ที่อุณหภูมิมหาสมุทรอุ่นขึ้นผิดปกติ ประกอบกับความดันบรรยากาศสูงบริเวณมหาสมุทรแปซิฟิกด้านตะวันตก ส่วนลานีญา เป็นปรากฏการณ์ที่อุณหภูมิมหาสมุทรเย็นลงผิดปกติ ประกอบกับความดันบรรยากาศต่ำบริเวณมหาสมุทรแปซิฟิกด้านตะวันตก กลไกลที่ทำให้เกิดความผันแปรดังกล่าวยังคงอยู่ในระหว่างการศึกษา
เอนโซก่อให้เกิดสภาพอากาศเลวร้าย อย่างเช่น อุทกภัย ภัยแล้ง หรือการรบกวนสภาพอากาศในหลายภูมิภาคของโลก ประเทศกำลังพัฒนาซึ่งมีเศรษฐกิจเน้นเกษตรกรรมและการประมง โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่อยู่ในบริเวณมหาสมุทรแปซิฟิก ได้รับผลกระทบมากที่สุด ส่วนใหญ่แล้ว ปรากฏการณ์เอลนีโญ-ความผันแปรของระบบอากาศในซีกโลกใต้ มักถูกเรียกย่อเหลือเพียง "เอลนีโญ" ซึ่งเป็นคำในภาษาสเปน ซึ่งแปลว่า "เด็กชาย" และหมายความถึงบุตรพระคริสต์ เนื่องจากมีการสังเกตว่าความอุ่นขึ้นผิดปกตินี้มักเกิดขึ้นในช่วงเทศกาลคริสต์มาส ลักษณะที่เกิดจากเอนโซ่เป็นไปได้ว่าก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วอันเป็นผลกระทบของปรากฏการณ์โลกร้อน และเป็นเป้าหมายสำหรับการวิจัยในการนี้
โดยปกติ บริเวณเส้นศูนย์สูตรเหนือมหาสมุทรแปซิฟิก ลมสินค้าตะวันออก (Eastery trade winds) จะพัดจากประเทศเปรู (ชายฝั่งทวีปอเมริกาใต้) ไปทางตะวันตกของมหาสมุทรแปซิฟิก แล้วยกตัวขึ้นบริเวณเหนือประเทศอินโดนีเซีย ทำให้มีฝนตกมากในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และทวีปออสเตรเลียตอนเหนือ กระแสลมสินค้าพัดให้กระแสน้ำอุ่นบนพื้นผิวมหาสมุทรแปซิฟิกไปกองรวมกันทางตะวันตก จนมีระดับสูงกว่าระดับน้ำทะเลปกติประมาณ 60 – 70 เซนติเมตร แล้วจมตัวลง กระแสน้ำเย็นใต้มหาสมุทรซีกเบื้องล่างเข้ามาแทนที่กระแสน้ำอุ่นพื้นผิวซีกตะวันออก นำพาธาตุอาหารจากก้นมหาสมุทรขึ้นมา ทำให้ปลาชุกชุม เป็นประโยชน์ต่อนกทะเลและการทำประมงชายฝั่งของประเทศเปรู
เมื่อเกิดปรากฏการณ์เอลนีโญ กระแสลมสินค้าตะวันออกอ่อนกำลังลง กระแสลมพื้นผิวเปลี่ยนทิศทาง พัดจากประเทศอินโดนีเซียและออสเตรเลียตอนเหนือไปทางตะวันออก แล้วยกตัวขึ้นเหนือชายฝั่งทวีปอเมริกาใต้ ก่อให้เกิดฝนตกหนักและแผ่นดินถล่มในประเทศเปรูและเอกวาดอร์ กระแสลมพัดกระแสน้ำอุ่นบนพื้นผิวมหาสมุทรแปซิฟิกไปกองรวมกันบริเวณชายฝั่งประเทศเปรู ทำให้กระแสน้ำเย็นใต้มหาสมุทรไม่สามารถลอยตัวขึ้นมาได้ ส่งผลกระทบให้บริเวณชายฝั่งขาดธาตุอาหารสำหรับปลาและนกทะเล ชาวประมงจึงขาดรายได้
ปรากฏการณ์เอลนีโญทำให้ฝนตกหนักในตอนเหนือของทวีปอเมริกาใต้ แต่ยังก่อให้เกิดความแห้งแล้งในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และออสเตรเลียตอนเหนือ การที่เกิดไฟใหม้ป่าอย่างรุนแรงในประเทศอินโดนีเซีย ก็เป็นเพราะปรากฏการณ์เอลนีโญ
