สำนักโยคาจาร ตั้งขึ้นโดยเมตตรัยนาคซึ่งเกิดหลังนาคารชุนราว 100 ปี ชื่ออื่น ๆ ของสำนักนี้คือ สำนักวิญญาณวาท หรือสำนักวิชญาณวาท สานุศิษย์ที่สืบต่อสำนักนี้คือ อสังคะ และวสุพันธุ ทินนาคะ และธรรมปาละ เป็นต้น
คัมภีร์ที่สำคัญของสำนักนี้มี 5 คัมภีร์ คือ อวตังสกสูตร สันธินิรโมจนสูตร ลังกาวตารสูตร คันธวยูหสูตร และอภิธรรมสูตร นอกจากนี้ยังมีปกรณ์สำคัญเช่นโยคาจารภูมิศาสตร์ และคัมภีร์ปการณารวาจาศาสตร์
คัมภีร์ปการณารวาจาศาสตร์ (Prakaranaryavaca-sastra หรือ 顯揚聖敎論) แปลว่าการประกาศอันสอนคือปกรณ์แห่งพุทธศาสนา รจนาขึ้นโดยพระโพธิสัตว์อสังคะ เป็นตำราคำสอนสำคัญของสำนักโยคาจาร หรือสำนักธรรมลักษณ์ ขยายความคัมภีร์โยคาจารภูมิศาสตร์ อันเป็นตำราสำคัญของสำนักนี้ คัมภีร์ปการณารวาจาศาสตร์มีจำนวนทั้งสิ้น 20 ผูก แปลจากสันสกฤตเป็นภาษาจีนโดยพระเสวียนจั้ง หรือพระถังซำจั๋ง สมัยราชวงศ์ถัง
หนึ่งในคำสอนสำคัญของตำรานี้คือ การกล่าวว่า อาลัยวิญญาณเป็นภาวะเดียวกับตถาคตครรภ์ เมื่อเข้าใจอาลัยวิญญาณจะเข้าใจตถาคตครรภ์
อาลัยวิญญาณ หรือมูลวิญญาณ เป็นที่เก็บ พีชะ (เมล็ดพันธุ์แห่งการนำไปให้เกิด) อันเป็นมูลให้เกิดนามและรูป คือร่างกายและจิตใจสรรพชีวิตทั้งหลาย
สำนักนี้ถือว่าเฉพาะจิตเท่านั้นที่เป็นจริง ทุกอย่างคือจิตหรือมาจากจิต สิ่งอื่นนอกจากจิตไม่เป็นจริง เป็นแต่มายาของจิต มีอยู่ เป็นอยู่เพราะการคิดของจิต ทั้งสังขตธรรมและอสังขตธรรมเกิดมาจากจิต จิตเรียกอีกอย่างว่าอาลยวิญญาณ หรือธาตุรู้ ซึ่งเป็นบ่อเกิดและมูลฐานของทุกสรรพสิ่ง มีหน้าที่ 3 ประการคือ
วิญญาณนี้มีพีชะอาศัยอยู่ อาลยวิญญาณจะเก็บพีชะไว้ แล้วนำมาก่อและปรุงแต่งจนกลายเป็นวิบากของพีชะ พีชะจะเกิดดับอยู่ตลอดเวลาเป็นสันตติ สำนักนี้ถือว่ามีความจริงตามธรรมชาติอยู่ 3 อย่างคือ ปริกัลปิตลักษณะ ความจริงที่ไม่มีอยู่เลย เช่น หนวดเต่า เขากระต่าย ปรตันตสภาวะ คือความจริงแบบสมติสัจจะ และปริณิษปันนสภาวะคือความจริงแท้หรือปรมุตถสัจจะ วิปัสสนาญาณเป็นวิธีเดียวที่จะเข้าถึงปรมัตถสัจจะได้ เหตุผลทางตรรกศาสตร์ไม่อาจเข้าถึงมหายานได้ สำนักนี้แบ่งบุคคลตามพีชะที่ฝังอยู่ในอาลยวิญญาณได้ 5 ระดับ เรียกว่าปัญจโคตร คือ
สำนักนี้ได้ติเตียนสำนักมาธยมิกหรือฝ่ายศูนยวาทินอย่างรุนแรงว่าเป็นมิจฉาทิฐิ เป็นอุจเฉทวาทะ และนัตถิกวาทะ ส่วนฝ่ายศูนยวาทินโจมตีสำนักนี้ว่าเป็นสัสสตทิฐิคือเห็นว่าเที่ยง
สำนักโยคาจารในจีนมีชื่อเรียกว่าสำนักฝ่าเซียงหรือสำนักเว่ยซื่อ พระถังซัมจั๋งหรือสฉวนจั้ง เป็นผู้นำมาสู่ประเทศจีน ศิษย์คนสำคัญของท่านคือ ข่วยชิเป็นผู้สืบทอดต่อมา คัมภีร์สำคัญคือ มหายานสังคหะ
สำนักโยคาจารในญี่ปุ่นเรียกว่าสำนักฮอสโส ท่านโคโซเป็นคนนำสำนักนี้จากจีนมาเผยแพร่ในญี่ปุ่นเมื่อ พ.ศ. 1192
